Eurodac estará agrupada en una Unidad Central ubicada en Luxemburgo y contará con una base de datos general informatizada, que hará posible establecer, por ejemplo, si una persona demandante de asilo loha hecho previamente en otro país miembro.

El nuevo sistema garantiza la inviolabilidad de los datos, ya que cada Estado está sometido a rigurosas normas de utilización. La Comisión Europea es responsable de garantizar la inviolabilidad de la Unidad Central y del sistema de comunicaciones, donde la información es cifrada en varios niveles y cuyo acceso sólo está permitido a personas debidamente autorizadas.

Para garantizar esa seguridad, su supervisión será realizada por una autoridad independiene de la que forman parte representantes de las distintas instituciones nacionales de protección de datos.

Eurodac comienza a funcionar hoy en todos los países de la UE, excepto en Dinamarca, y en los países terceros vinculados por el Reglamento Eurodac, es decir, Noruega e Islandia.

En virtud de este mecanismo, cada Estado deberá registrar las huellas dactilares de todos los dedos de cada solicitante de asilo mayor de 14 años, con el fin de crear la base de datos central. Si Eurodac indica que la huellas dactilares enviadas por un Estado ya están registradas, el solicitante de asilo será devuelto al país en el que hubiese registrado inicialmente sus huellas, que será al que corresponda examinar la solicitud de asilo.