Los museos cuya gestión pertenece al Ministerio de Educación y ubicdos en Madrid son el Prado, el Reina Sofía, América, Antropología, Arqueológico, Artes Decorativas, Cerralbo, Reproducciones Artísticas, Romántico y Sorolla.

Fuera de la capital, el ministerio también tiene competencias plenas sobre el Centro Nacional de Investigación de Altamira (Santillana del Mar), Casa Museo del Greco y Sefardí (Toledo), y Escultura y Casa de Cervantes (Valladolid), entre otros.