Desde la última modificación del convenio en 2003 se han producido novedades en el ordenamiento jurídico tributario del Estado que han precisado de la adaptación del convenio.

Entre estas modificaciones figuran la introducción del régimen del grupo de entidades en la normativa reguladora del IVA, la introducción en el sistema tributario estatal del Impuesto sobre el Carbón y la devolución del Impuesto sobre Hidrocarburos a profesionales, agricultores y ganaderos.

Asimismo, se establece el incremento de las competencias normativas en el Impuesto Especial sobre Determinados Medios de Transporte y en el Impuesto sobre las Ventas Minoristas de Determinados Hidrocarburos.

Por otra parte, mejora la colaboración entre el Estado y la Comunidad Foral en materia de intercambio de información para el cumplimiento de los tratados internacionales y facilitar el cumplimiento de las obligaciones tributarias de las empresas.

Navarra también participa desde ahora en las dotaciones presupuestarias en materia sanitaria, educativa y de dependencia.

Otras novedades destacadas lo son en materia de estabilidad presupuestaria, así como los acuerdos con la Agencia Estatal de Administración Tributaria y la Hacienda de Navarra sobre cambios de domicilio, control tributario, actas únicas y control de tramas de fraude del IVA.