Eguiagaray hizo pública su decisión a través de una carta en la que explica que su intención es contribuir a la culminación del proceso de renovación iniciado en el PSOE tras el 35 Congreso, en el que José Luis Rodríguez Zapatero fue elegido secretario general.

El dirigente socialista señala en u misiva que el "largo proceso de relevo" en el Partido Socialista comenzó con la derrota electoral de 1996 y culminó en el 35 Congreso. A su juicio, este proceso era una condición indispensable para la "recuperación" del PSOE.

Para el ex ministro, ese relevo "salió mucho mejor de lo que era de temer" y señaló el inicio de una andadura con "nuevos dirigentes" que habían de mostrar "su capacidad de conducir el proyecto socialista sin más hipoteca que lo mejor de la herencia recibida y con la libertad pra marcar nuevos derroteros".

Con la llegada de ese nuevo equipo dirigente, Eguiagaray y otros antiguos responsables del PSOE pasaron "a segunda fila" y su colaboración "ya no podía ser sino auxiliar" en esta etapa. Por ello, anuncia su retirada de la "primera línea" política, aunque señala que seguirá trabajando por el partido.

El portavoz parlamentario del PSOE, Jesús Caldera, mantuvo una conversación con él y le manifestó el "agradecimiento" de todo el partido por los 25 años de dedicación a l actividad pública "con honestidad, con brillantez, con entrega y dedicado a la defensa de los intereses generales".

Caldera elogió la idea expresada por Eguiagaray de que la política debe ser "una fase pasajera" que no puede convertirse en un medio de vida habitual. Por todo ello, manifestó el "pesar" de todo el partido por "la pérdida de alguien tan valioso moral y políticamente" como Juan Manuel Eguiagaray.