Los proyectos que se presenten deben enmarcarse en los objetivos del Programa de Cooperación, cuya finalidad fundamental es aumentar la capacidad de los países de la región para incorporarse al cambio tecnológico mundial. También busca sentar las bases para la organización de un espacio científico y tecnológio iberoamericano.

En el programa pueden participar las universidades, los centros públicos de investigación y las instituciones de política científica iberoamericanos y españoles. Se estructura en torno al desarrollo de proyectos de investigación conjunta avalados por una institución española y otra iberoamericana.

Las ayudas consistirán en una subvención por proyecto de investigación conjunta por importe de un millón de pesetas anuales prorrogables por dos años más.