Según los ecologistas, "este acuerdo no es más que una prolongación del macabro acuerdo que firmaron en los años sesenta los dictadores Franco y Salazar, encaminado al aprovechamiento hidroeléctrico de los tramos de rios fronterizos, y que incluía la desaparición de varios pueblos de ambos lados de la frontera, bajo las aguas de los embalses".

A juicio de la confederación ecologista, el nuvo convenio amplía el ámbito de vigencia del acuerdo que firmaron en su día los dictadores.

Asimismo, denunció que se introducen algunas consideraciones medioambientales que intentan "maquillar" el verdadero objetivo del acuerdo, que, a juicio de los conservacionistas, es el aprovechamiento hidroeléctrico de los ríos.

La confederación que el interés del Gobierno portugués en lograr que el río Guadiana mantenga durante todo el año un caudal mínimo, no está fundamentado en motivaciones ambientales,sino en la necesidad de llenar el macroembalse de Alqueva, con capacidad para más de 4.000 hectómetros cúbicos.

Ecologistas en Acción destaca que este acuerdo es analizado en el Libro Blanco del Agua del Ministerio de Medio Ambiente, donde se elogía su contenido.

Para la confederación, el Libro Blanco intenta distraer la atención sobre el retraso que sufre el Plan Hidrológico Nacional, y persiste en la defensa de las actuaciones que han marcado tradicionalmente la política hidráulica, como la contrucción de grandes infraestructuras.