Los trabajos se realizan a través del "Proyecto Almirante", gestionado por la institución provincial, actualmente en su segunda fase que, con una inversión global de 3,9 millones de euros -financiados al 60% por la UE y el 40% por la Diputación de Valladolid-, también está restaurando la Iglesia de San Francisco y los almacenes de la dársena del Canal de Castilla.

Esta intervención en la Iglesia de Santiago -adjudicada a la empresa Trisca- ha consistido fundamentalmente en la restauración de la fachada norte y sur y en la consolidación y restauración de los ábsides del templo.

También se ha construido una cámara de ventilación en la fachada principal y en la fachada objeto de la intervención que garantice la ausencia de humedades, en la actualidad la principal causa del deterioro que acusan las fábricas pétreas.

Esta intervención ha permitido finalizar la restauración de esta iglesia en su configuración exterior, a la vez que garantiza la conservación de determinadas partes del edificio, que se encontraban en mal estado.

La segunda fase del "Proyecto Almirante" en Medina de Rioseco -proyecto de conservación del patrimonio histórico-artístico y cultural del Programa Operativo Integrado de Castilla y León- tiene un presupuesto global de inversión de 3.924.999 euros, financiados al 60% por la Unión Europea a través de los fondos Feder, y el 40% restante es asumido de forma subsidiaria por la Diputación de Valladolid, entidad que gestiona y coordina el programa y preside el Consorcio Almirante.

Además de la restauración de la Iglesia de Santiago, ya finalizada, otras actuaciones de esta segunda fase del Proyecto Almirante, actualmente en obras, son las siguientes: rehabilitación del convento-iglesia de San Francisco e instalación del museo, y rehabilitación y adaptación para su uso de los Almacenes de la Dársena del Canal de Castilla, también en Medina de Rioseco.