Scilingo declaró ante Garzón en el sumario que el juez español instruye para investigar la desaparición de varias decenas de españoles durante la dictadura argentina. El ex militar relató ante el juez las torturas que se cometieron durante esa época y reconoció haber participado en los llamados "vuelos de la muerte", en los que se arrojaba al Mar de la Plata a prisioneros sedados y desnudos.

Garzón decidió entonces procesarle y enviarle a prisión co una fianza de cinco millones de pesetas, que el militar no pudo pagar. Más tarde el juez rebajó la fianza y finalmente le puso en libertad, prohibiéndole abandonar el país.

Scilingo denunció a Garzón ante el Consejo General del Poder Judicial (CGPJ), le acusó de prevaricación y se quejó de estar permanentemente amenazado en España. Relató agresiones cerca de su actual domicilio y además, en una de sus múltiples comparecencias en la Audiencia Nacional, fue despedido con lanzamiento de huevos por partede simpatizantes del grupo argentino "Madres de la Plaza de Mayo".

Las acusaciones en este proceso se han negado a conceder a Scilingo la posibilidad de regresar a su país y advierten al juez del riesgo de fuga.

El ex militar vino a España para participar en un programa de televisión e inmediatamente pasó a disposición del juez Baltasar Garzón, que en los próximos días contestará a su petición de regresar a Argentina.