El principal objetivo de la Fundación Francisco Cobos es impulsar la labor científica en el área de la biomedicina, un campo en el que confluye el desarrollo del conocimiento junto con aportaciones de gran siginificado para la salud y la calidad de vida.

Asimismo, pretende ayudar a la formación de investigadores jóvenes mediante becas y dotaciones, para contribuir al incremnto del capital humano en la investigación española.

Esta fundación otorgará dos becas cada año, dotado con tres millones de pesetas cada una y destinadas a jóvenes investigadores, y un premio anual, dotado con 15 millones, para la persona, grupo, sociedad o institución que haya desarrollado una labor científica relevante en el campo de la biomedicina durante los últimos cinco años.