La función principal de este organismo consultivo será la de asesorar al CNIO en la búsqueda de investigadores para el centro y definir las líneas de trabajo de mayor interés.

Para formar el consejo se han seleccionado investigadores básicos en el campo de la biología celular y molecular; así como destacados expertos en patolgía molecular e investigación clínica.

El consejo está presidido por José Luis Puerta López-Cózar, miembro del Patronato de la Fundación CNIO. El resto de los miembros son: Josep Baselga, Elías Campo, José Costa, Gabriel Hortobagyi, Carlos Martínez, Joan Massegué, Herbert Pinedo, Rafael Rossel, Jesús San Miguel y Eugenio Santos.