La Mesa del Congreso ya había aprobado que en este órgano, de composición proporcional a la del hemiciclo, habría 24 diputados del PSOE, 19 del PP, y dos de cada uno de los demás grupos, es decir, CiU, PNV, ERC-IU y Mixto.

La Diputación Permanente está presidida por el presidente de la Cámara, según el Reglamento del Congreso, por lo que en esta ocasión recae sobre José Bono.

La socialista Teresa Cunillera y la popular Ana Pastor fueron elegidas vicepresidentas primera y segunda, respectivamente, como lo son en la Mesa del Congreso, por 32 y 19 votos. Algo similar y con los mismos votos ocurrió con los dos secretarios, el socialista Javier Barrero y el popular Ignacio Gil Lázaro.

La Diputación Permanente es el órgano encargado de velar por los poderes de la Cámara fuera de los periodos ordinarios de sesiones y después de concluir su mandato o haber sido disuelta.