En esta fase se estudian los 13 humedales de Sevilla, los 17 de Huelva, los 12 de Córdoba, los 11 de Granada y los 8 de Jaén. En la realización de los estudios intervienen 15 epecialistas, repartidos en seis equipos.

Los trabajos del programa, para los que se cuenta con un presupuesto de 57 millones de pesetas, se realizan "in situ". Las labores van desde el análisis sobre la calidad de las aguas y aire, hasta parámetros generales olor, color, transparencia, temperatura y profundidad. Además, se realizan mediciones para detectar la presencia de minerales en el agua.

La base cartográfica de los humedales, a escala 1:10.000, recoge datos sobre la extensión de estas lagunas, marismas o esteros, situación y características del entorno.

La primera fase del proyecto, que se recoge en el documento "Caracterización hidroquímica y cartografía de las zonas húmedas de Andalucía", se inició en diciembre de 1996. Entonces se seleccionron 49 humedales de las provincias de Cádiz (21), Málaga (17) y Almería (11).

La provincia de Cádiz es la que posee el patrimonio de humedales más rico de las tres provincias de la primera fase, tanto del área continental como de la litoral. El capital de Málaga es fundamentalmente de tipo continental, mientras que el de Almería es de la modalidad litoral.