En sus dos años de existencia, la confederación ha desplegado una amplia labor en tareas de asesoramiento y de promoción de las actividades de estas entidades mediante la creación de servicios comunes y de orientación en materia jurídica, fiscal y económico-financiera.

En el ámbito de la cooperación ha puesto en marcha un programa de actividades para coordinar iniciativas y proyectos comunes a varias fundaciones.

La CEF, que tiene representación en las diferentes omunidades autónomas, se configura en distintos sectores, entre los que destacan las fundaciones sanitarias, las de cooperación al desarrollo, las de entidades públicas, las de personas con discapacidad, las de Tercera Edad, las financieras y las religiosas.

Entre las iniciativas que ha desarrollado se encuentran la firma de acuerdos y convienios con diferentes entidades públicas y privadas para la promoción de actividades comunes. Directivos de la confederación han realizado gestiones ante los diferetes organismos del Estado para la reforma de la vigente Ley de Fundaciones con la finalidad de flexibilizar la administración y el tratamiento fiscal de los benefactores de las fundaciones.

Los órganos directivos de la CEF son ocupados por don Carlos de Borbón (Fundación Fondena), como presidente; Rafael de Lorenzo (Fundación ONCE), como presidente ejecutivo, y Carlos Escudero (Fundación Carlos III), como presidente de la Junta de Fundadores.

Los vicepresidentes son Santiago Grisolía (Fundación Vlenciana de Estudios Avanzados), Santiago Muñoz (Fundación Ricardo Delgado), María Fernanda Méndez-Núñez, condesa de Elda (Fundación Contra el Cáncer) y José Manuel Morán.