Según informa Helios-Airways en su página web, se fundó en 1999 y fue la primera compañía privada de Chipre, pero hasta mayo de 2000 no fletó su primer vuelo, rumbo a Londres.

En mayo de 2001 comenzó a ofrecer vuelos a Sofía (Bulgaria) y en junio de 2002 amplió sus rutas hasta Dublín (Irlanda).

Helios-Airways no comenzó a operar con vuelos hacia la capital griega hasta abril del año pasado y en marzo de este año inició la ruta Praga-Atenas.

Otros destinos con los que ya trabaja Helios-Airways son Budapest (Hungría), Newcastle, Glasgow, Nottingham y Birmingham (Gran Bretaña), Belfast (Irlanda) y Bucarest (Rumanía).