La Fiscalía de la Audiencia Nacional ha solicitado para el etarra penas que suman 81 años y 8 meses de prisión por los delitos de pertenencia a banda armada (10 años de cárcel), delito contra la Corona (19 ños), asesinato terrorista (30 años), tenencia ilícita de armas (1 año), depósito de armas (10 años) y depósito de municiones (10 años más). Además, pide que indemnice a la familia del fallecido con 80 millones de pesetas.

El escrito del fiscal Javier Balaguer considera probado que Arronategui y otro miembro de la banda terrorista, actualmente en paradero desconocido, fue reclutado por un alto mando de ETA para formar el "comando Katu", con el objetivo de matar al Rey durante los actos de inauguracióndel museo.

Los dos etarras recibieron material explosivo en abundancia y, tras estudiar el terreno del atentado, se acercaron a las inmediaciones del Guggenheim en una furgoneta -supuestamente de una floristería-, en la que portaban tres jardineras a las que incorporaron sendos lanzagranadas.

A su llegada al museo, una patrulla de vigilancia del centro de arte se dispuso a comprobar la documentación de los supuestos mozos de floristería, momento en el que, temiendo su detención, el etarra en rebedía disparó con una pistola contra el miembro de la Ertzaintza, que falleció a consecuencia de las heridas.

A continuación se inició una persecución por las calles de Bilbao, en la que fue detenido Arronategui. Más tarde, en su domicilio fue hallado numeroso material para la elaboración de bombas, así como granadas anticarro, fusiles y pistolas, entre otro tipo de armamento.