Este traslado suscitó una fuerte polémica, alimentada por la férrea oposición del entonces presidente del organismo, Carlos Bustelo, nombrado por el Gobierno del PP, que en esos momentos calificó el traslado de "deportación" y que presentó su dimisión por este motivo.

Actualmente, Bustelo preside el Tribunal de Defensa de la Competencia de Madrid, un nombramiento que fue impulsado personalmente por la presidenta de la Comunidad de Madrid, Esperanza Aguirre, cuyo Gobierno presentó un recurso contencioso administrativo ante el Tribunal Supremo contra el traslado de la sede.

Actualmente, la CMT cuenta con una plantilla de 103 empleados, de los cuales cerca del 50% no aceptaron las compensaciones salariales y las ayudas para vivienda acordadas por Industria y el regulador con el objetivo de facilitar el inicio de la política de descentralización del Gobierno de Zapatero.

Esta política de descentralización podría continuar con el traslado de la Comisión Nacional de la Energía (CNE) de Madrid a Bilbao, en caso de que prospere la petición formulada por el "lehendakari", Juan José Ibarretxe.