Los centros de investigación de ámbito nacional son: Microbiología, Sanidad Ambiental, Alimentación, Medicina Tropical, Epidemiología, Síndrome del Aceite Tóxico y Enfermedades Raras, Escuela Nacional de Sanidad, Escuela Nacional de Medicina del Trabajo, y Biblioteca Nacional de Ciencias de la Salud.

Los seis primeros departamentos estarán adscritos a la Subdirección General de Epidemiología y Centros Nacional de Salud Pblica, y los tres restantes dependerán de la Subdirección General de Planificación y Coordinación Docente.