Esta asociación discrepa del nombramiento del nuevo Defensor del Pueblo, entre otras razones, por considerar que apoya abiertamente al Estado de Israel, "país que considera legales la tortura y la toma de rehenes", y por haberse mostrado dispuesto a considerar una reforma de la actual Ley de Extranjería.

Además, la Asociación cntra la Tortura criticó la postura de Múgica ante los presos de ETA y recordó en su nota que "con su gestión como ministro de Justicia se inició la política de dispersión de los presos de esta organización".