En la primera conferencia de prnsa, tras su toma de posesión, Alvarez señaló que "todos sabemos dónde quedó el derecho de presentación del Antiguo Régimen y cómo la Iglesia ha hecho cesión de los privilegios que podría tener en ese sentido. Por ello, creo, con todo respeto, que se han pasado".

Para el primado de España, "pretender que los obispos realicen su pontificado en las regiones donde nacieron contribuye a que se empobrezca la fuente de la que salen, es decir, que todos los clérigos de España tendrían que presentarse a hacerla selección pertinente para que luego vayan donde hayan de ir".

Respecto a la polémica decisión adoptada hace cuatro años de cambiar en Toledo la procesión del Corpus Christi del jueves al domingo, Francisco Alvarez afirmó que estudiará a fondo este asunto, pero no quiso detallar cuál será su postura.

El nuevo arzobispo toledano se limitó a decir que "vengo como pastor de la diócesis para continuar la labor de Marcelo González Martín" y agregó que su misión será agilizar la vida social de la misa.