Tras la aprobación del estatuto, se separan orgánica y funcionalmente las tareas científicas y de autorización de medicamentos de aquellas otras ligadas a la política farmacéutica, como son las condiciones de financiación y precio de los frmacos.

La estructura de la agencia responde al objetivo de evaluación de medicamentos a través de un sistema de expertos de los centros de investigación del ámbito académico y clínico; además, de establecer normas y procedimientos que garanticen el control de calidad y seguridad de los fármacos.

La mayor parte de los estados miembros ya cuenta con agencias similares, que trabajan en coordinación con la Agencia Europea de Evaluación de Medicamentos.