Según informa Puertos del Estado, el Fondo de Compensación es un instrumento de redistribución de recursos del sistema portuario estatal cuyo objetivo es garantizar la autofinanciación del sistema y la potenciación de la competencia entre los puertos españoles.

Incluido en las diferentes Leyes de Puertos desde 1992, su aplicación ha permitido que recintos portuarios como Ceuta o Melilla, los situados en los archipiélagos balear y canario, o aquellos que tienen que hacer frente a reparaciones periódicas o extraordinarias, como ha sido el caso de Sevilla y Bahía de Cádiz, puedan mantener su actividad e infraestructura.