En su primera rueda de prensa tras ser elegido presidente de la entidad, Fernández dijo ser un firme defensor de "la neutralidad ideológica y política de la universidad, excepto en momentos excepcionales en que en algún lugar del planeta los derechos humanos sean atacados". Fernández aseguró que su línea al frente de la Conferencia será "institucionalista", pues "no es labor de CRUE valorar" la actualidad política.

Respaldado con 62 votos a favor, tres nulos y dos abstenciones, Fernández confesó que durante la asamblea en que fue designado pidió al resto de rectores que no le votaran por ser catalán pero que tampoco lo dejasen de hacer por este mismo motivo.

En cuanto al impacto de las protestas con motivo del 1-O en la universidad catalana, aseguró que salvo en algún momento puntual, estas instituciones "están funcionando con absoluta normalidad".

Respecto a sus prioridades al frente de la CRUE, señaló que trabajará para mantener la cohesión de la conferencia, garantizar la equidad social del sistema y mejorar la imagen de esta institución en la sociedad "desmontando tópicos".

Señaló que en la CRUE conviven muchas sensibilidades y "mantener la unidad" es un valor para asegurar el contacto del sistema con las distintas administraciones.

También defendió la necesidad de reformar de inmediato el sistema de becas y los precios de las matrículas y avanzó su intención de elaborar "una agenda proactiva para presentar a los gobiernos" las demandas del sector.

Indicó que, aunque está a favor de un pacto nacional, prefiere alcanzar acuerdos parlamentarios en cada uno de los grandes temas si así se asegura su resolución.

Fernández aprovechó su intervención para alabar la labor del presidente saliente, Segundo Piriz, y destacó su esfuerzo por mantener la unidad de todos los rectores y mejorar su relación con las administraciones.