Goioaga fue procesado por el Supremo en abril de 2016 por presunto delito de integración en organización terrorista o, subsidiariamente, de colaboración con organización terrorista. Al perder su competencia por no seguir siendo senador Goioaga, el Supremo envía la causa al Juzgado Central de Instrucción número 6 de la Audiencia Nacional, a cargo del juez Eloy Velasco, que investiga los mismos hechos.

El Tribunal Supremo procesó al senador de Bildu por su participación en el llamado `frente de makos´. El magistrado de la Sala II Miguel Colmenero, instructor de la causa contra Goioaga, consideró que el senador pudo cometer un delito de pertenencia o colaboración con organización terrorista, al apreciar indicios de que el frente de cárceles formaba parte del grupo de abogados que contribuía a mantener a los presos de ETA bajo la disciplina y la estructura de dicha organización.

En ese momento, el magistrado Colmenero vio indicios de que Goioaga, “al igual que los demás integrantes del grupo”, tenía una “participación activa” en el 'frente de makos' mediante las visitas en los centros penitenciarios a los presos “que permanecían en la órbita de ETA, y conocía por ello su aportación a la transmisión, en dos direcciones, de las consignas de la organización terrorista a los presos y de las inquietudes o posiciones de estos a aquella”. Según el juez, Goioaga trabajaba también para “mantener a los presos en el marco ideológico, bajo la disciplina y en la estructura de ETA”.