El decreto modifica otro real Decreto de 27 de enero de 2012, que desarrollaba la estructura orgánica básica del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte.

La modificación implica la derogación de los preceptos de los reales decretos de estructura orgánica básica de los Ministerios que ejercían hasta ahora funciones en materia de protectorado. En concreto, se modifican los relativos a los Ministerios de Agricultura, Alimentación y Medio Ambiente, Empleo y Seguridad Social, Industria, Energía y Turismo, Sanidad, Servicios Sociales e Igualdad, Justicia y Fomento.

Además, conlleva la adscripción al Ministerio de Educación, Cultura y Deporte de los efectivos humanos que venían desempeñando estas funciones en otros ministerios, así como la identificación de los efectivos que desempeñarán las funciones de registro y que se adscribirán al Ministerio de Justicia tan pronto como se publique la Orden que determine la entrada en funcionamiento del Registro Único.

El real decreto también atribuye a la Subsecretaría las funciones de publicidad activa, así como las relacionadas con el ejercicio del derecho de acceso a la información pública, a través de la Oficina de Atención al Ciudadano, que se convierte en Unidad de Información de Transparencia del Ministerio.

La Comisión para la Reforma de las Administraciones Públicas (CORA) incluyó entre sus medidas la implantación de un único Registro de Fundaciones y un único Protectorado de competencia estatal para las fundaciones que desarrollen su actividad en todo el territorio del Estado o, principalmente, en el territorio de más de una Comunidad Autónoma.

La ley de racionalización del sector público de 2015, ha establecido que en el plazo máximo de un año las funciones de protectorado respecto de las fundaciones de competencia estatal serán ejercidas por la Administración General del Estado a través de un único órgano administrativo, en la forma que reglamentariamente se determine.

Según señala el Gobierno en la referencia del Consejo de Ministros, esta unificación "supondrá la racionalización de las estructuras administrativas y redundará en un mejor servicio a los ciudadanos. Añade que da respuesta, además, a las demandas de sector, que viene reclamando, a través de la Asociación Española de Fundaciones, la creación de este protectorado único en la Administración General del Estado".