La Obra Pía sirve a la cooperación religiosa y humanitaria y contribuye a la difusión de España y su cultura entre los pueblos del Mediterráneo y Oriente.

En las cuentas anuales de 2008, publicadas en el Boletín Oficial del Estado (BOE) y recogidas por Servimedia, el gasto de la institución se cifra en 839.177,63 euros. Esto significa un 11,4 por ciento menos que en 2007 (947.550,71), aunque un 210 por ciento más que en 2005 (270.758,17).

La actividad principal de la entidad es la administración de su patrimonio: un conjunto de inmuebles situados en Tierra Santa, Marruecos, Siria y Turquía.

Además, la Obra Pía se encarga del sostenimiento de la Basílica-Museo de San Francisco el Grande de Madrid y coopera con órdenes religiosas para el desarrollo de labores caritativas y humanitarias.

Los ingresos de la entidad provienen principalmente del rendimiento de su patrimonio, tanto mobiliario como inmobiliario.

También recibe ingresos del Ministerio de Asuntos Exteriores y de Cooperación, del que depende, en concepto de intereses del capital incautado a la Institución en virtud de la Legislación desamortizadora y de la Ley de 2 de agosto de 1886; y, marginalmente, de donaciones ocasionales y del producto de las entradas al Museo-Basílica de San Francisco el Grande.

En este capítulo, los ingresos descendieron un 31,5 por ciento en 2008 respecto a 2005, pasando de los 833.168,20 a los 1.216.213,03 euros.