La iglesia custodia los restos mortales de San Isidro, patrón de Madrid, y los de su esposa, Santa María de la Cabeza, de quien sólo se conserva ésta, por cierto. Dicha iglesia sustituyó a la parroquia de San Pedro y San Pablo, del siglo XVI, que fue demolida junto al primitivo Colegio Imperial, siguiendo las instrucciones dejadas en su testamento por María de Austria, hija de Carlos I y viuda de Maximiliano II, emperador del Sacro Imperio Germánico. De hecho, el escudo de la emperatriz campea en la fachada de la colegiata.

María de Austria regresó a Madrid para profesar en las Descalzas Reales, como buena componente de la familia real española, y legó su fortuna a la Compañía de Jesús con el propósito de que se construyera un edificio de nueva planta sobre el solar de la iglesia derribada.

Felipe IV se encargó de colocar la primera piedra del nuevo templo, trazado por Pedro Sánchez a imagen del Gesú de Roma, la iglesia madre de la órden de los jesuitas. El edificio resultante fue inicialmente adscrito a la citada orden religiosa y puesto bajo la protección del patrón navarro San Francisco Javier. En 1767, con la expulsión de los jesuitas, se transformó en colegiata.

Dos años después quedó bajo la advocación de San Isidro, coincidiendo con el traslado del cuerpo del santo desde la iglesia de San Andrés, donde se custodiaba desde 1544. También fueron trasladadas, las pocas que quedaban, las reliquias de la esposa del labrador. Entonces su interior fue reformado por Ventura Rodríguez, uno de los arquitectos que cambiaron Madrid en el transcurso del siglo de la Ilustración. Rodríguez proyectó un nuevo presbiterio y el retablo del altar mayor, además de una rica decoración, respetando los volúmenes interiores.

INSTITUTO

El caserón del Colegio Imperial, el actual Instituto de San isidro, adosado a la iglesia-colegiata, fue escuela de arquitectura entre 1851 y 1933. En 1886, con la constitución de la nueva diócesis de Madrid, pasó a ser la catedral provisional, rango que ostentó hasta 1993, cuando se concluyó la actual Catedral de La Almudena, recuperando San Isidro su primitiva categoría de colegiata.

En 1936, el edificio fue incendiado nada más comenzar la Guerra Civil Española, destruyendo el fuego numerosas obras de arte. Tras la contienda se procedió a su restauración, que se fue desarrollando lentamente a lo largo de dos décadas. Se intentaron recuperar en lo posible los elementos originales, hasta culminarse dichas obras en la década de 1960.

Dentro de la Colegiata de San Isidro sobresale el retablo de la Sagrada Familia, obra del pintor, escultor y arquitecto Sebastián Herrera Barnuevo, gran figura de la época de Carlos II. En la capilla de San José se encuentran los retablos pintados por Herrera el Mozo, que representan a los santos Antón y Antonio de Padua. Quizá la capilla del Jesús del Gran Poder es la más hermosa del templo isidril, decorada con pechinas barrocas obra de Claudio Coello. El lienzo “Cristo camino del Calvario” es obra de Francisco Rizi.