Este presupuesto se suma a los 1.250.000 euros que la Comunidad aportó para consolidar los cimientos del templo y que suponen un total de 4,5 millones de euros para que el templo pueda abrir sus puertas, según lo previsto, durante la Navidad de 2006.

Esta segunda fase de obras de restauración comprende el saneamiento de humedades, limpiar fachadas y reparar la cubierta y los aleros. Igualmente, se realizarán actuaciones de acondicionamiento y urbanización de la plaza que está situada en la entrada principal de la iglesia.

Además, en el interior del templo, dado el estado de conservación del edificio, son necesarias múltiples actuaciones. De forma prioritaria se tratarán y acondicionarán los paramentos horizontales y verticales y de las bóvedas. También se van a reparar grietas y se aplicará un tratamiento antihumedad.

La iglesia de Santa María Magdalena fue declarada "Bien de Interés Cultural", en la categoría de Monumento, en 1958. Desde 1991 se convirtió en la catedral de la Diócesis de Getafe.