Las funciones de la comisión son identificar los programas de I+D+i que se dirijan a universidades o centros adscritos o dependientes de las mismas, y los programas de actuaciones del Ministerio de Educación que puedan afectar a las competencias del Ministerio de Ciencia e Innovación.

También tendrá que analizar el desarrollo de actuaciones conjuntas, conocer la planificación general de actividades de los dos departamentos y conocer las actuaciones de ambos ministerios en ejecución del Plan Nacional de I+D+i que puedan considerarse incluidas en alguna de las líneas comunes de actuación.

La comisión deberá además coordinar las actuaciones de desarrollo de la Estrategia Universidad 2015, particularmente las relativas a promoción de la investigación y a la transferencia del conocimiento.

La Presidencia de la Comisión será rotatoria entre los titulares de ambos ministerios y se ejercerá por periodos de doce meses. La primera en ejercer la Presidencia será la ministra de Ciencia e Innovación.

La comisión se reunirá al menos dos veces al año y podrá crear tantos grupos de trabajo como considera oportuno.

La Vicepresidencia de la comisión la ejercerá el ministro que no esté ejerciendo la Presidencia y estará integrada también por tres vocales de cada ministerio con rango, al menos, de director general.