Según informó el Gobierno, el museo se regirá de acuerdo a la Ley del Patrimonio Histórico Español del 25 de junio de 1985 y el Reglamento de Archivos Militares. Éste define el Sistema Archivístico de la Defensa, con cuatro subsistemas: Subsistema Archivístico del Ejército de Tierra, Subsistema Archivístico de la Armada, Subsistema Archivístico del Ejército del Aire y Subsistema Archivístico del Órgano Central.

En la actualidad, el Subsistema Archivístico del Órgano Central cuenta con una amplia red de archivos de gestión y archivos centrales, pero no con archivos históricos. Esta laguna quedará subsanada con el Archivo General e Histórico de Defensa.

Los fondos custodiados en él procederán del Ministerio de Defensa y sus centros directivos, y de los órganos que gestionan los cuerpos comunes de las Fuerzas Armadas. También los que provengan de cualquier otro organismo dependiente del Ministerio de Defensa no integrado en los Subsistemas Archivísticos del Ejército de Tierra, la Armada o el Ejército del Aire, o bien de particulares.

Según aclaró el Gobierno, la creación de este archivo no supondrá ningún aumento del gasto público y las unidades administrativas y puestos de trabajo necesarios para su puesta en marcha se realizarán mediante modificación de las relaciones o catálogos de puestos de trabajo del Ministerio.