Uno de los objetivos es comprar y poner en funcionamiento el superordenador MareNostrum5 y sus infraestructuras de investigación asociadas. También se prevé la adaptación del centro de proceso de datos para su uso para supercomputación, la adquisición y puesta en marcha de la subestación eléctrica y todos los gastos de funcionamiento.

En esta década, la cartera de Pedro Duque aportará un 60% de su financiación total. Además de los 115,1 millones de financiación del Gobierno, el convenio contempla también la concesión de un préstamo por parte del Ministerio de Ciencia e Innovación al centro por importe de 47,9 millones de euros a reintegrar en el periodo 2023 a 2029, con cargo a las aportaciones de las administraciones consorciadas, sus propios fondos o fondos comunitarios.

Esta institución se creó como el centro español de supercomputación para uso multidisciplinar, abierto al servicio de la comunidad nacional de científicos y técnicos de entidades públicas y privadas.

Orientado al fomento de la colaboración internacional, está conectado a través de las redes de comunicaciones a otros centros e instituciones de su ámbito tanto nacional como internacional.

Actualmente, el Centro Nacional de Supercomputación es un centro de I+D+i puntero a nivel mundial y sus infraestructuras de computación forman parte del Mapa Nacional de Infraestructuras Científicas y Técnicas Singulares (ICTS) como nodo principal de la Red Española de Supercomputación.