El estudio fue llevado a cabo por un equipo formado por investigadores del Instituto de Investigación Biomédica de Bellvitge (Idibell) y del Instituto Catalán de Oncología (ICO). Los investigadores realizaron una prueba piloto en el análisis del genoma de la microbiota intestinal con el objetivo de “poner a punto las técnicas de secuenciación y las herramientas de análisis bioinformático”, recogen en un comunicado.

La microbiota intestinal son microorganismos que viven en los intestinos y “pueden dar pistas” del estado de salud de una persona, ya que su composición puede depender de factores como la dieta, el estilo de vida o de las patologías que padecemos. “Saber qué bacterias concretas están en nuestros intestinos podría ayudar a predecir enfermedades como el cáncer de colon”, explican.

En el estudio se compararon dos métodos de secuenciación: 16s y Shotgun. El primero descifra la secuencia de un solo gen de los microorganismos, mientras que el segundo da la secuencia completa de todo el genoma. Aunque al secuenciar un único gen “se pierde resolución”, puede resultar más económico. “El hecho de secuenciar un gen solamente presente en la microbiota nos permite analizar muestras de biopsias sin que el genoma humano interfiera”, declaran.

Adicionalmente, la prueba piloto mostró que ambas técnicas “son consistentes”. “Aunque la secuenciación completa es más sensible y distinguimos más especies de microorganismos, en ningún momento contradice los resultados obtenidos en secuenciar un único gen”, recogen.

RESULTADOS

Este estudio piloto es “el primer trabajo de un proyecto que pretende ser mucho más extenso”. Los datos obtenidos en esta prueba piloto servirán de base para el diseño del método de análisis del proyecto ‘Colonbiome’, que tiene por objetivo buscar marcadores de la microbiota que puedan servir para la detección precoz del cáncer de colon. Para ello, se recogerán biopsias de colon y muestras de heces de pacientes sanos, y pacientes en diferentes fases de cáncer colorrectal y luego se secuenciará el genoma de la microbiota para identificar diferencias entre los grupos.

Todos los datos obtenidos en este estudio piloto fueron introducidos en la European Nucleotide Archive, una base de datos pública y colaborativa, donde se comparten secuencias genómicas de todo tipo para el aprovechamiento de toda la comunidad científica. Los resultados de esta primera prueba fueron publicados en la revista Scientific Data, donde se detallaron tanto las secuencias como las fórmulas de análisis bioinformático utilizadas, detalla Idibell en su comunicado.

Este estudio “pretende ser una ayuda” a los grupos de investigación que estén realizando análisis similares o probando nuevas herramientas bioinformáticas, “a los que se les pone al alcance todos los resultados obtenidos”. Los investigadores aseguran que también harán públicos todos los detalles de los estudios posteriores, para seguir contribuyendo en la colaboración y el avance del campo.