Muñoz está siendo investigado en la pieza llamada `proyecto Pintor´ dentro de la instrucción de la `Operación Tándem', por la que se encuentra en prisión el comisario jubilado José Manuel Villarejo. En un auto, los magistrados admiten el recurso de apelación presentado por Anticorrupción contra la decisión del juez instructor Diego de Egea de no imponer medidas cautelares al investigado cuando le dejó en libertad provisional, el pasado 2 de agosto, después de declarar en la Audiencia Nacional.

La resolución desestima igualmente el recurso presentado por Juan Muñoz en el que pedía que se declarase la nulidad del auto de De Egea y se retrotrayeran las actuaciones al momento anterior al dictado de la resolución para que el instructor justificara la razón por la que resuelve la libertad sin medidas cautelares.